南总医院前身系中央医院。中央医院可追溯到1929年筹建的中央模范军医院。1930年1月,国民政府行政院将其改建为国立中央医院,由南洋华商胡文虎捐资建造。是中国自建的第一所现在国立医院、国内首家由中国人自己创建的国立西医院。曾任国民政府卫生部部长刘瑞恒担任首任院长。抗战期间,中央医院先后辗转长沙、贵阳。1941年迁至重庆。抗战胜利后,国立中央医院部分迁回南京,部分留在重庆,部分迁移至广州。南
京中央医院于1950年改为华东军区医院;1955年,改名为南京军区总医院,1986年,更名为南京军区南京总医院。